Virus whole genome sequencing

Hoe werkt het?

Heeft u een diagnostisch monster of een in celkweek gekweekte virale stock die u nader wilt karakteriseren? Dan hebben we een snelle methodologie om virale sequencing van het hele genoom uit te voeren en het volledige genoom aan u te leveren:

  • Ad-random sequencing-benaderingen zijn toepasbaar op virusstocks die in cultuur zijn opgegroeid (bijv. cellen of eieren) of klinische monsters met een hoge virale lading (bijv. lage Cq-waarde).
  • Bij gerichte benaderingen gebruiken we primerverrijkingsstrategieën om het aantal genetische reads voor het virus van uw interesse te vergroten. Op deze manier kan het virus worden gedetecteerd in klinische monsters met hoge tot zelfs matige virale ladingen.
Geavanceerde bioinformatica analyses

We zorgen ook voor meer geavanceerde virale genoom data-analyses met behulp van onze (veterinaire) pathogene genomics-expertise:

> Phylogenetische analyse

We gebruiken fylogenetische analysemethoden (bijv. Maximum likelihood) om de genetische verwantschap en evolutionaire relatie tussen verschillende stammen te analyseren. Fylogenetische bomen kunnen worden verrijkt met stammen waarvan de sequentie is bepaald bij PathoSense, vaccinstammen en openbaar beschikbare genomen van GenBank. Analyses kunnen worden uitgevoerd op hele genoomsequenties en kunnen zich ook richten op specifieke genen van interesse.

> Variant analyse

In sommige onderzoeksgebieden is het belangrijk om dieper in de nucleotidesequenties te graven en te zien hoe deze de vertaling naar eiwitsequenties beïnvloeden. Voor genen van belang kunnen nucleotide- en aminozuurvergelijkingen worden gemaakt met bepaalde referentiestammen.

> Recombinatie analyse

Sommige virussen hebben de mogelijkheid om genen uit te wisselen tussen genomen van verschillende stammen. Dit proces wordt recombinatie genoemd, een veel voorkomend verschijnsel bij coronavirussen en het porcien reproductief en respiratoir syndroomvirus. Met de volledige sequentie is het mogelijk om het optreden van recombinatiegebeurtenissen te analyseren en mogelijke ouderstammen af te leiden.

Vertel ons over uw virusstammen!