Bacterial whole genome sequencing

Heeft u bacteriële isolaten die u wilt karakteriseren? Dan komt onze long-read workflow voor nanopore-sequencing van pas, omdat bacteriën grotere genomen hebben. We kunnen volledige, circulaire genomen en plasmiden reconstrueren aan hoge sequentiediepten. Als uitgangsmateriaal gebruiken we zuivere en verse bacteriële isolaten.

We zorgen ook voor meer geavanceerde bacteriële genoomdata-analyses met behulp van onze (veterinaire) pathogene genomics-expertise:

> Phylogenie & MLST analyse

We gebruiken fylogenetische analysemethoden om de genetische verwantschap en evolutionaire relatie tussen verschillende stammen te analyseren. Fylogenetische bomen kunnen worden verrijkt met stammen waarvan de sequentie is bepaald bij PathoSense en openbaar beschikbare genomen van GenBank. Analyses kunnen worden uitgevoerd op hele genoomsequenties en kunnen zich ook richten op specifieke genen van interesse.

Aangezien het volledige genoom voorhanden is, kan multi-locus sequentie (MLST) typering ook worden gebruikt om stammen te classificeren volgens beschikbare en internationaal gebruikte MLST-schema's voor verschillende soorten bacteriën.

> Virulentie factor screening

Bacteriën kunnen verschillende soorten virulentiefactoren herbergen. Met behulp van de genetische informatie kunnen we screenen op de aanwezigheid van virulentiefactoren, die uiteindelijk kunnen worden gebruikt om de pathogeniciteit van sommige isolaten te beoordelen.

> antimicrobial resistance screening

Antimicrobiële resistentie is een grote uitdaging voor de gezondheid van mens en dier. De meeste analyses worden uitgevoerd met behulp van fenotypische analysemethoden, maar ook de genetische code kan worden gebruikt om potentiële antimicrobiële resistentie te analyseren. Dit kan door de aanwezigheid van genen of puntmutaties te beoordelen die verband houden met antimicrobiële resistentie.